A Fundação Educacional do Estado do Paraná – Fundepar, foi instituída em 1962 com a finalidade de construir prédios escolares para instituições públicas, fornecer equipamentos para as salas de aula e distribuir a alimentação escolar. Na época, pela Lei n.º 4.599/62, a entidade, sem fins lucrativos, administrava o Fundo Estadual de Ensino.

Em 1979, a Fundepar foi reorganizada pela Lei n.º 7.253/79 e tornou-se pessoa jurídica de direito privado. O intuito passou a ser o incentivo e amparo do desenvolvimento e da difusão das atividades educacionais no Paraná. O estatuto da Fundepar foi aprovado pelo Decreto n.º 1.841/80 e transformou-se em uma autarquia pela Lei n.º 9.663/91. E com a publicação do Decreto n.º 1.772/92 passou a ser chamado de Instituto de Desenvolvimento Educacional do Paraná.

Após a extinção da Fundepar, em 2007, instituíram-se a Superintendência de Desenvolvimento Educacional - Sude, subordinada à Secretaria de Estado da Educação, e suas diretorias: Diretoria de Edificações e Diretoria de Administração Escolar. Em meados de 2010, alterou-se a configuração da Sude e foi criada internamente a Diretoria Técnica. Já no ano seguinte, uma reorganização interna da Sude criou três novas diretorias: Diretoria de Engenharia, Projetos e Orçamentos (Depo), responsável pelos processos de engenharia das instituições de ensino, desde a vistoria da área, desenvolvimento de projetos, até a fiscalização da execução das obras; Diretoria de Infraestrutura e Logística - Dilog, para zelar pela logística, abastecimento e manutenção de equipamentos nas unidades de ensino, quanto à alimentação escolar, ao transporte escolar e a materiais e equipamentos e Diretoria de Planejamento - Diplan, necessária para obtenção, registro e análise das informações das instituições de ensino, atuando nas áreas de planejamento das matrículas e da infraestrutura física escolar.

O Instituto Paranaense de Desenvolvimento Educacional - Fundepar, ressurge com a Lei n.º 18.418/2014, como entidade autárquica, de personalidade jurídica de direito público, com patrimônio e receitas próprios, autonomia administrativa, técnica e financeira, integrante da administração indireta do Estado, vinculado à Secretaria de Estado da Educação - Seed. Na sequência, foi criado um grupo de trabalho para implantar o Instituto Paranaense de Desenvolvimento Educacional pelo Decreto n.º 710/2015, permanecendo sua administração sob a responsabilidade da Sude até a publicação de novo regulamento. Outras mudanças decorrentes deste fato também merecem destaque: a desvinculação da Diplan, que passou à responsabilidade da Superintendência de Estado da Educação - Sued; além da criação da Diretoria Administrativa e Financeira da Fundepar, devido às necessidades de autonomia.

A efetivação do novo Instituto Fundepar aconteceu em 2017 com pastas de planejamento, coordenação e execução de projetos, obras, serviços de engenharia e edificações, coordenação de alimentação e nutrição escolar, coordenação de materiais e suprimentos e coordenação de transporte escolar. O regulamento detalhando as atividades do Instituto foi registrado no Decreto n.º 6.972/2017, alterado pelo Decreto n.º 7.508/2017, Decreto n.º 7.950/2017 e Decreto n.º 8.663/2018.

Em 16 de dezembro de 2024 foi publicado o novo Regulamento do Fundepar, por meio do Decreto n° 8362/2024 .