A Fundação Educacional do Estado do Paraná – FUNDEPAR foi instituída em 1962 com a finalidade de construir prédios escolares para instituições públicas, fornecer equipamentos para as salas de aula e distribuir a alimentação escolar. Na época, pela Lei Nº 4.599/62, a entidade, sem fins lucrativos, administrava o Fundo Estadual de Ensino.

Em 1979, a FUNDEPAR foi reorganizadada pela Lei Nº 7.253/79 e tornou-se pessoa jurídica de direito privado. O intuito passou a ser o incentivo e amparo do desenvolvimento e da difusão das atividades educacionais no Paraná. O estatuto da Fundepar foi aprovado pelo Decreto Nº 1.841/80 e transformou-se em uma autarquia pela Lei Nº 9.663/91. E com a publicação do Decreto Nº 1.772/92 passou a ser chamado de Instituto de Desenvolvimento Educacional do Paraná.

Após a extinção da FUNDEPAR, em 2007, instituíram-se a Superintendência de Desenvolvimento Educacional (Sude), subordinada à Secretaria de Estado da Educação, e suas diretorias: Diretoria de Edificações e Diretoria de Administração Escolar. Em meados de 2010, alterou-se a configuração da Sude e foi criada internamente a Diretoria Técnica. Já no ano seguinte, uma reorganização interna da Sude criou três novas diretorias: Diretoria de Engenharia, Projetos e Orçamentos (Depo), responsável pelos processos de engenharia das instituições de ensino, desde a vistoria da área, desenvolvimento de projetos, até a fiscalização da execução das obras; Diretoria de Infraestrutura e Logística (Dilog) para zelar pela logística, abastecimento e manutenção de equipamentos nas unidades de ensino, quanto à alimentação escolar, ao transporte escolar e a materiais e equipamentos, e Diretoria de Planejamento (Diplan) necessária para obtenção, registro e análise das informações das instituições de ensino, atuando nas áreas de planejamento das matrículas e da infraestrutura física escolar.

O Instituto Paranaense de Desenvolvimento Educacional (FUNDEPAR) ressurge com a Lei N.º 18.418/2014, como entidade autárquica, de personalidade jurídica de direito público, com patrimônio e receitas próprios, autonomia administrativa, técnica e financeira, integrante da administração indireta do Estado, vinculado à Secretaria de Estado da Educação (SEED). Na sequência, foi criado um grupo de trabalho para implantar o Instituto Paranaense de Desenvolvimento Educacional pelo Decreto N.º 710/2015, permanecendo sua administração sob a responsabilidade da Sude até a publicação de novo regulamento. Outras mudanças decorrentes deste fato também merecem destaque: a desvinculação da Diplan, que passou à responsabilidade da Superintendência de Estado da Educação (Sued); além da criação da Diretoria Administrativa e Financeira da Fundepar, devido às necessidades de autonomia.

A efetivação do novo Instituto FUNDEPAR acontece em 2017 com pastas de planejamento, coordenação e execução de projetos, obras e serviços de engenharia e edificações; coordenação de alimentação e nutrição escolar; coordenação de material e suprimentos; e coordenação de transporte escolar. O regulamento detalhando as atividades do Instituto foi registrado no Decreto N.º 6.972/2017, alterado pelo Decreto N.º 7.508/2017, Decreto N.º 7.950/2017 e Decreto N.º 8.663/2018.